Sanktuarium powstało w 1999 roku z inicjatywy św. Jana Pawła II, który powierzył je Wspólnocie Sant'Egidio. Papież odwiedził je w sobotę po południu.
Uroczystość rozpoczęła się od śpiewu hymnu ku czci męczenników: „Radują się w niebie święci męczennicy, którzy poszli w ślady Chrystusa, ze względu na Jego miłość przelali krew i wiecznie radują się w Panu”. Następnie Franciszek oddał hołd relikwiom św. Bartłomieja i ikonie nowych męczenników.
W imieniu gospodarzy papieża powitał założyciel Wspólnoty Sant'Egidio, prof. Andrea Riccardi, który przypomniał, że świadectwo współczesnych męczenników zawstydza i zachęca do tego, by stając wobec wyzwań współczesnego świata chrześcijanie nie skupiali się na umiłowaniu własnego życia.
– Trzeba nauczyć się języka świadków Ewangelii, którzy nie ocalili samych siebie, którzy swoje życie oddali tak, jak Jezus, który nie ocalił siebie, nie uciekł z Jerozolimy pomimo niebezpieczeństwa. Darmowość jest sensem życia i śmierci męczenników – mówił. Przypomniał też, że wizyta papieża Franciszka w Sanktuarium Nowych Męczenników zbiegła się z czwartą rocznicą uprowadzenia biskupów z Aleppo: Boulosa Yazigiego i Gregoriosa Ibrahima, którzy modlili się niegdyś w tej świątyni. Zapewnił również o modlitwie za wstawiennictwem nowych męczenników w intencji Ojca Świętego i jego zbliżającej się wizyty apostolskiej w Egipcie.
Papież wypowiedział słowa modlitwy, podkreślając, że „Słowo Boże wspierało i oświecało tych braci w trudnym doświadczeniu” i dlatego należy je przyjąć „jako cenny dar, ponieważ jest lampą dla naszych kroków i otwiera ludzkość na nadzieję”.
W swoim przemówieniu Franciszek przypomniał, że świątynia ta jest miejscem, gdzie starożytna historia męczeństwa łączy się z pamięcią nowych męczenników, wielu chrześcijan zabitych przez obłąkane ideologie minionego wieku, i to zabitych tylko dlatego, że byli uczniami Jezusa.
– Wspomnienie bohaterskich świadków epoki starożytnej i niedawnych czasów umacnia nas w świadomości, że Kościół jest Kościołem męczenników. A męczennikami są tymi, którzy, jak przypomniała nam Księga Apokalipsy, "przychodzą z wielkiego ucisku i opłukali swe szaty, i w krwi Baranka je wybielili" – mówił Ojciec Święty i przypomniał, że "mieli oni łaskę wyznawać Jezusa aż do końca, aż do śmierci. Cierpią, dają życie, a my otrzymujemy błogosławieństwo Boże ze względu na ich świadectwo".
Wskazał również na wielu męczenników ukrytych, tych mężczyzn i kobiet wiernych łagodnej sile miłości, głosowi Ducha Świętego, którzy w dniu powszednim starają się pomagać swoim braciom i bezwarunkowo kochać Boga.
Rozważając przyczyny męczeństwa chrześcijan, papież zwrócił uwagę, że u jego podstaw znajduje się nienawiść szatana. – Przyczyną każdego prześladowania jest nienawiść księcia tego świata względem tych, którzy zostali zbawieni i odkupieni przez Jezusa, przez Jego śmierć i zmartwychwstanie – mówił, podkreślając, że o tej nienawiści mówi także Chrystus na kartach Ewangelii wg św. Jana. Przypomniał, że owa nienawiść i prześladowania trwają nieprzerwanie od czasów Chrystusa i narodzin Kościoła.
– Czego potrzebuje dziś Kościół? – pytał następnie Ojciec Święty, nawiązując do popularnej opinii, że każdy kraj w czasie kryzysu potrzebuje bohaterów. W odpowiedzi przypomniał, że potrzebą Kościoła są męczennicy i świadkowie, zarówno „święci życia codziennego”, jak też „ci, którzy mają odwagę przyjąć łaskę bycia świadkami aż do końca, aż do śmierci”.
Na zakończenie papież zaznaczył, że wspominanie tych świadków i modlitwa w poświęconym im sanktuarium jest wielkim darem dla Wspólnoty Sant'Egidio, Kościoła rzymskiego, wszystkich wspólnot chrześcijańskich i pielgrzymów przybywających do Rzymu. Jak powiedział, świadectwo męczenników jest źródłem pokoju i jedności, a oni sami uczą, że miłością i łagodnością można przezwyciężyć trwające wojny i okrucieństwa.
Swoją refleksję papież zakończył modlitwą w intencji odnowy Kościoła, ochrony prześladowanych chrześcijan i przywrócenia pokoju na świecie.
Ważnym punktem uroczystości były świadectwa dotyczące nowych męczenników: syna Paula Schneidera, pastor Kościoła Reformowanego, który zginął w obozie zagłady w Buchenwaldzie w 1939 roku, przyjaciela Williama Quijano, który został zabity przez uzbrojonych bandytów w Salwadorze oraz Roselyne Hamel, siostry ks. Jacquesa Hamela, zabitego 26 lipca ub. roku w kościele w Saint-Étienne-du-Rouvray we Francji przez fundamentalistów islamskich. – Niech ofiara Jacquesa przyniesie owoce, aby ludzie naszych czasów mogli znaleźć sposób, by żyć razem w pokoju – powiedziała siostra francuskiego kapłana.
Po świadectwach i homilii papież udał się do kaplic nawy bazyliki, zapalając świecę na każdym ołtarzu zawierającym relikwie i pamiątki świadków wiary. Następnie wzniesiono modlitwę wiernych. – Pamiętajmy o tych, którzy przelali swoją krew będąc wiernymi Ewangelii i prośmy Boga Wszechmogącego aby cały świat został odnowiony przez Jego miłość – wprowadził w modlitwę Ojciec Święty.
Z kolei wymieniono imiona niektórych z nowych męczenników, a po każdym z nich zapalono świecę, natomiast zgromadzeni dołączyli do chóru śpiewającego "Kyrie eleison". Proszono, aby męczennicy poprowadzili chrześcijan ku jedności, a także, aby rozbrojono bluźnierczą przemoc ludzi zabijających w imię Boga. Papież wieńcząc modlitwę prosił Boga, aby ze względu na przelaną krew męczenników udzielił ludzkości zranionej złem daru radości i światła dobra, jakimi obdarzył nas Syn Boży za cenę swego życia. Po celebracji Franciszek wyszedł w procesji.
Następnie na terenie bazyliki spotkał się z grupą uchodźców. Po zakończeniu tego spotkania pozdrowił rzesze zgromadzone przed bazyliką św. Bartłomieja.
W roku 2000 Jan Paweł II poświęcił bazylikę św. Bartłomieja pamięci męczenników chrześcijaństwa z XX w i czasów najnowszych. Znajdują się tam między innymi relikwie błogosławionych: Karoliny Kózkówny, Stanisława Marii Starowieyskiego i ks. Jerzego Popiełuszki a także franciszkańskich męczenników z Peru: bł. Zbigniewa Strzałkowskiego i bł. Michała Tomaszka.